本发明公开了一种辅助生殖胚胎与供精方或供卵方之间亲子关系的鉴定方法，属于亲子鉴定技术领域。包括以下步骤：S101：获取单细胞扩增产物样本S和供精方/供卵方样本F/M；S102：对两个样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据N(S)和N(F/M)；S103：统计位点集N(S)∩N(F/M)中的位点作为有效位点；S104：在有效位点的基础上计算两个样本的错配率和相关性；S105：根据错配率与相关性判断两个样本的亲子关系；若相关性∈[0.45，0.60]且错配率∈[0，3.125%]，则判断两个样本为亲子关系。本专利在基因组可能丢失的情况下依旧能够准确判定胚胎与供精方/供卵方之间的亲子关系。