本发明公开了一种通过已出生孩子对胎儿进行亲子鉴定的方法，属于亲子鉴定技术领域。包括以下步骤：对孕妇已出生孩子和孕妇游离DNA样本的二态性位点进行测序分别得到DNA数据Z和S；获取样本S中含有胎儿信号的分型位点集X(S)，获取样本Z的位点集Y(Z)；统计位点集X(S)∩Y(Z)中的位点作为有效位点，统计有效位点中Z与S的错配位点，根据错配位点与有效位点计算胎儿与已出生孩子的错配率；判断错配率是否符合模拟计算得到的异父同母关系下的错配率分布M1或同父同母关系下的错配率分布M2；若错配率符合M1，则判断胎儿与已出生孩子的生父排除亲子关系；若错配率符合M2，则判断胎儿与已出生孩子的生父为亲子关系。