目前亲子鉴定的DNA测序技术已经过两代的更迭，最新二代DNA测序技术具有更准确、更稳定、更安全、应用场景更广等特点。
根据孟德尔遗传定律（亲子鉴定的理论基础），孩子身上的遗传物质一半来自于生物学父亲（简称“生父”），一半来自于生物学母亲（简称“生母”）。每个基因座上的两个等位基因也分别来自生父和生母。
一代亲子鉴定检测原理
基于一代 DNA测序技术的亲子鉴定（简称“一代亲子鉴定”）只做16~21个STR微卫星标记。这16~21基因座上，孩子的基因型或者和生父一样，或者和生母一样（基因突变的情况除外）；若在父母身上都找不到，就不符合孟德尔遗传定律，即非生物学父亲/母亲。
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（如上图所示，孩子的STR序列均来自生母及疑似父亲1；疑似父亲2的STR序列与孩子的STR序列不符合孟德尔遗传定律。因此疑似父亲1是孩子的生物学父亲。）
二代亲子鉴定检测原理
基于二代DNA测序技术的亲子鉴定（简称“二代亲子鉴定”），基于前沿的高通量测序平台，通过检测单核苷酸多态性（SNP）进行亲缘关系鉴定。确定孩子的一个等位基因来自生母后，另一个等位基因必然来生物学父亲（生父基因）。若疑似父亲某个位点不带有生父基因，该位点为错配位点（基因突变情况除外）。检测位点越多，非生物学父亲被排除的概率也就越大，目前二代DNA测序可纳入上万个筛选位点。
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二代亲子鉴定的优势
01 更准确
一代亲子鉴定只做16~21个STR微卫星标记。二代亲子鉴定可从上万个位点中筛选出1000多个高质量SNP位点进行分析，准确性更高；经过统计分析，一代STR技术准确度>99.99%，二代SNP技术准确度>99.9999%。
SNP被称为“第三代遗传标记”，突变率低，能够减少基因突变对亲子关系鉴别带来的影响。即使是污染严重的样本，二代亲子鉴定也可以检测出准确结果。
02 更稳定
STR短串联重复序列，长度为100-200bp，DNA降解会影响一代亲子鉴定结果。而SNP作为单碱基遗传标记，不依赖检测样品的完整性，存在DNA降解的样品（运输保存不当；或易降解样本，如指甲）也不会影响检测结果。因此二代亲子鉴定可选择的样本类型更多。
03 更安全
针对妊娠期亲子鉴定，二代亲子鉴定对DNA完整度要求低，可通过抽取孕妇血液分离胎儿游离DNA（166dp左右小片段）进行亲子鉴定。而一代亲子鉴定必须抽取羊水检测，有一定的致畸、流产风险。
04 更早期
传统一代亲子鉴定，最早在怀孕16~24周抽羊水检测。二代亲子鉴定怀孕5周即可抽血检测。
05应用范围更广
二代DNA测序技术使用1000多个SNP位点，不仅可以用于亲子鉴定，还可用于三代以内的亲缘关系鉴定，不受性别限制。一代DNA测序技术靠Y染色体或线粒体来判断，所以对个体性别有要求，且大概率无法区分。
二代亲子鉴定适用人群
1.对亲子鉴定结果有很高准确率要求的。
2.疑父之间存在亲缘关系的。
3.对传统一代亲子鉴定结果存在疑虑。
4.孕期早期进行亲子鉴定。
5.亲缘关系鉴定。
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