一文了解MET基因扩增检测

2024.02.19 责任编辑:陈醒 阅读量:207

MET是NSCLC精准治疗的重要靶点之一。MET异常主要包括MET基因14外显子跳跃突变、MET扩增和c-MET蛋白过表达三种类型,其中MET扩增已成为NSCLC患者靶向药物耐药后治疗的重要分子标志物,如何准确检测MET扩增,以指导MET抑制剂治疗,是目前临床关注的重点。本期我们将着重介绍MET扩增,帮助大家更全面地了解MET扩增及其临床检测需求。
MET扩增的概念及其临床意义
MET扩增是指MET基因的拷贝数(GCN)增加,包括多体(Polysomy)和局部扩增(Focal Amplification)两种形式。
多体是指整条染色体重复,即细胞中出现多条7号染色体,除MET基因外,位于7号染色体上的其它基因(如EGFR、BRAF等)的拷贝数也一并增加;局部扩增仅MET基因或合并周围区域的拷贝数增加,而位于染色体其他区域基因的拷贝数没有明显变化。
MET多体和局部扩增两种形式都可能导致MET mRNA转录水平上调,增加c-MET蛋白表达[1]。但相对于多体,局部扩增更容易成为驱动因素,使得c-MET蛋白表达升高、受体激活和下游信号通路活化[2]。甚至亚洲胸部肿瘤研究组 (ATORG) 在关于NSCLC MET变异的专家共识中指出,多体不是致癌驱动因素[3]。
MET扩增在多种实体肿瘤中均有发现,可作为原发性肿瘤驱动基因变异之一。其中,NSCLC中原发MET扩增的发生率为1-5%,与不良预后相关。另一方面,MET扩增更常继发于其他驱动基因(如EGFR、ALK)阳性的NSCLC患者靶向治疗后,是EGFR-TKI和ALK-TKI耐药的重要机制之一(图2)。当EGFR(或ALK)信号通路被EGFR-TKI(或ALK-TKI)抑制时,作为旁路信号途径,继发性MET扩增将绕过EGFR(或ALK),激活下游通路,从而导致耐药发生。
此外,MET扩增水平和MET抑制剂疗效呈正相关,即MET扩增水平越高,使用MET抑制剂效果越好。
高水平MET扩增的患者接受MET抑制剂治疗疗效更好,肿瘤缓解率更高[2]
随着MET靶向药在国内上市,MET抑制剂的可及性大大提高,晚期初治和EGFR‐TKI或ALK-TKI等靶向药物耐药后的NSCLC患者,应尽早进行相关检测,让更多MET高倍扩增患者从靶向治疗中获益。
MET扩增的检测方法有哪些?
目前MET扩增的检测方法主要包括原位杂交(FISH)和高通量测序(NGS)。
FISH检测
FISH通过荧光探针原位标记MET基因,可以直接借助显微镜观察单个肿瘤细胞中MET荧光信号的数量,荧光信号的数量即代表了MET基因的拷贝数;也可以通过标记MET基因和第7号染色体着丝粒(CEP7),计算肿瘤细胞中MET/CEP7比值。
FISH检测MET扩增尚无统一的判读标准,目前临床主要参考UCCC和Cappuzzo标准,通过MET GCN和MET/CEP7比值来进一步区分局部扩增和多体。当MET/CEP7≥2时,判断为局部扩增;当MET GCN≥5且MET/CEP7<2时,判断为多体。
NGS检测
NGS可根据测序深度和特定位点变异频率等信息,对检测到的MET基因拷贝数变异(CNV)进行计算。它还可以通过评估7号染色体上的其他基因(如MET相邻基因LINC01510和CAPZA2),以及其他染色体的测序深度和分布特征,来识别局部扩增和多体(图5)。
目前,通过NGS计算CNV来判断MET扩增尚无统一标准,定义MET扩增的阈值具有较大异质性,既往多项研究使用MET GCN > 3-5为阈值[4-5]。鉴于NGS检测结果的准确性和临床用药的指导性,建议临床选用经国家药监局(NMPA)批准或经充分验证的NGS产品对MET扩增进行检测,且检测结果能够明确区分局部扩增和多体。
NGS与FISH结果高度一致
关于NGS与FISH检测肿瘤组织MET局部扩增的结果对比,既往研究也显示出了较高的一致性。
TATTON研究中,组织NGS与FISH检测MET局部扩增的阳性一致性高达88%[6]。在今年的WCLC世界肺癌大会上,世和基因公布了一项与华西医院王业教授团队合作的研究成果:在中国NSCLC患者中,组织NGS与FISH检测MET扩增的总体一致性达83.6%;针对MET局部扩增,组织NGS检测的敏感性和特异性分别为78.6%和100%,与FISH检测的整体一致性高达94.6%[7]。
组织NGS检测MET扩增,不仅能有效区分局部扩增和多体,针对其中具有临床用药指导价值的MET局部扩增,检测结果与FISH高度一致。
NGS报告解读注意事项
由于NGS检测Panel和生物信息分析策略的不同,MET扩增检测结果的呈现形式也可能不同。目前大多数NGS报告中,MET扩增的结果是通过生物信息学分析得出的拷贝数变异(CNV),与FISH报告检测出的基因拷贝数(GCN)并非同一概念。
如图6所示,由于送检样本是肿瘤细胞和正常细胞的混合物,因此NGS检测分析得到的是混合物整体的CNV,不能直接作为肿瘤细胞平均的MET基因拷贝数用于临床参考。我们需要基于肿瘤细胞占比等信息换算成GCN[8]。
NGS检测MET扩增的优势有哪些?
FISH是检测MET扩增的金标准,但其只能检测肿瘤组织样本和单一变异类型。NGS的优势在于组织和液体样本均可检测,并可同时检测MET 14跳读等突变和融合等其他变异,且能实现多基因共检,最大化利用样本获得全面的基因变异信息,在临床实践中的应用越来越广泛。
2021版非小细胞肺癌分子病理检测临床实践指南推荐,当组织样本充足时,可考虑优先选择NGS检测。对于检测结果不能确定、有扩增信号但不典型或位于临界值时,可考虑使用FISH进行复测[9]。组织样本不可及时,可考虑使用液体样本(如胸腹水、脑脊液、血液等)进行NGS检测(图7)
内容总结
·MET扩增是原发肿瘤重要的驱动变异,也是EGFR‐TKI等耐药的重要机制之一,可作为晚期患者耐药后联合靶向治疗的潜在分子标志物;
·MET扩增需要区分局部扩增和多体两种不同的形式,其中局部扩增相对于多体,更有可能是肿瘤发生、发展和治疗的重要因素;
·FISH是检测MET扩增的金标准,但并不适用于组织样本难以获取的患者。同时,FISH单基因扩增检测的特点,使得其无法全面而高效地探索经TKI治疗后复杂的耐药机制;
·NGS已成为检测MET扩增的重要工具,能同时实现组织和血液、胸腹水、脑脊液等液体样本的检测,且可以同步检测多个基因的突变、扩增和融合等变异类型,临床应用愈加广泛。


参考文献
[1]中华医学会病理学分会,国家病理质控中心,中华医学会肿瘤学分会肺癌学组,等.非小细胞肺癌MET临床检测中国专家共识.中华病理学杂志, 2022, 51 (11): 10.
[2] Guo R, Luo J, Chang J, Rekhtman N, Arcila M, Drilon A. MET-dependent solid tumours-molecular diagnosis and targeted therapy. Nat Rev Clin Oncol. 2020;17 (9): 569-587.
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