看懂肿瘤基因检测报告的几大要点

2024.02.07 责任编辑:陈醒 阅读量:175

癌症的发生机制非常复杂,随着医学领域的快速发展和对癌症发病机制研究的深入,癌症诊疗已进入了全新的基因组时代。目前,对于癌症患者,基于基因检测结果的精准诊疗已获得国内外权威指南的推荐。而一份基因检测报告的精准解读可以更好地为患者的临床诊疗带来帮助。
现阶段,肿瘤的治疗已经步入个体化的精准医疗时代。所谓精准诊疗,诊断先行,病理诊断固然是肿瘤确诊的“金标准”,而病理确诊后,针对性的基因检测则是患者精准治疗的基础。因此,除了患者病理报告之外,往往我们也会收到一份基因检测报告。有时候大家可能会对检测报告的内容不知其意。那么,接下来我就详细解说一下如何看懂基因检测报告。
基因检测报告呈现的重点是肿瘤检测的结论,也是临床制定治疗管理方案的重要依据。检测报告的指导内容会因检测范围不同而有所区别,但万变不离其宗,报告原则应符合《临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨》和《二代测序临床报告解读指引》等基本规范。
拿到一份基因检测报告后,首先需要了解受检者和送检标本的信息,如与临床接洽的诊断结果、标本类型、之前的检测和用药信息等,这些不仅说明了报告的归属者,同时也提供了报告后文的解读和分析方向。这里提供的用药史和检测史往往能够协助报告解读师了解患者的疾病状态,做出更全面合理的用药分析。
根据《二代测序临床报告解读指引》,检出变异靶点与药物敏感性证据分级报道解释:A级别的药物为经药监局批准或专业临床指南推荐;B级别药物为获得该领域专家共识推荐;C级别为跨适应证用药或者有临床试验入组;而D级别证据等级局限于临床个案报道和临床前研究支持。因此,从证据级别上来说,A、B级别用药理应成为优先考虑,而C、D级别可供临床探索性方案。
因此,一份合格的报告会包含检测结果汇总以及详细解读,汇总部分方便临床一目了然用药方案,做到知彼知己;同时基因位点介绍、用药依据和参考来源也会在报告中详细阐明,提供更多的变异和用药解读,实现知其然,知其所以然。
这里关注到“突变丰度”这个指标,它可以简要理解为位点突变的浓度或频率,突变丰度相对越高,可能检测样本中突变的浓度或细胞数量越多。也有部分临床研究显示,突变丰度的高低与药物治疗疗效相关。在基因突变的类型上,主要常见的有错义,移码,无义,扩增,融合,以及涉及小片段的这几种变异,虽然不同的变异类型适用于不同的方法学检测,但NGS高通量检测能够较全面地覆盖这些类型,往往是优先考虑的检测方法。
除了靶向治疗之外,往往较大的检测项目也会同步评估免疫治疗可能。这时候,微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤突变负荷(TMB)和免疫超进展基因(HPD)等免疫疗效指标就是我们关注的对象,报告中也应明确解读各指标的检测结果和临床意义,为免疫治疗提供可能。值得强调的是,虽然影响免疫治疗的指标有很多,临床应用中也需要和靶向治疗一样,关注免疫指标的证据级别。由于驱动基因对免疫微环境的影响较为复杂,所以综合基因变异检测结果和免疫指标,全面考虑靶向和免疫治疗的选择,才能够决策出科学合理的治疗方案。
CSCO指南指出,肿瘤患者化疗方案的选择应考虑到多个因素。现阶段,得益于药物基因组学的快速发展,一些基因多态性(SNP)被证实与化疗药物的代谢和积累相关,间接影响药物疗效和毒副作用。尤其是在肠癌,胃癌和乳腺癌中,化疗基因检测已纳入指南和共识推荐,颇受重视。化疗基因检测报告会基于pharmGKB数据库,解读每个SNP位点对应化疗药物的毒效说明,从毒副作用和疗效方面共同评估化疗药物,辅助临床对化疗药物的合理选择。
无论肿瘤患者采用什么治疗方案,同样的癌症患者,生存期可能存在显著差异,这也是预后的体现。目前多个基因突变与肿瘤的预后关系已经明确,报告中也应对预后相关的基因进行报道解读,方便临床了解患者后续的治疗情况。事实上,一份报告会检测出大量的基因突变,能匹配到药物的突变靶点还比较有限,对于那些还没有针对性药物的致癌突变,或者致癌关系尚未明确的临床意义未明突变,往往也是临床关注的报告重点。
有些基因检测报告在治疗指导之余,也会从胚系突变指导遗传信息。胚系突变是指个体先天带来的遗传自父亲或母亲的突变,也可以遗传给后代。所以胚系突变携带者的血缘亲属均有一定的携带风险。报告中通常会在遗传性检测中报道是否检出致病性胚系突变。如若检出,则提示肿瘤遗传的可能,这时,血缘亲属风险评估很有必要!现在也有一些针对健康人的遗传性肿瘤的基因检测,通过基因突变预测遗传性肿瘤患病风险,实现健康人的早检测,早筛查,早预防!
总而言之,临床检测报告出具复杂且缜密,像共识要求的:一份结构化循证报告的背后,需要基于特定逻辑建立临床解读知识库框架,并通过对开源知识库及海量科学文献的信息甄别、分级、编辑,不断完善机构内部临床解读知识库。通过生物信息分析流程将基因变异识别、注释、过滤后,可报告变异进入临床解读知识库进行变异、癌种、证据匹配,最终形成可读的结构化NGS临床报告。
当然,不可否认的是,每一种技术方法学都有自身的局限性,每一份检测报告都有自身优势和不足,而患者样本的质控情况,以及如何科普式地辅助结果解读,也是报告里具备的重要元素!
因此,一份合格的检测报告,通过真实的分子检测,尽最大可能地为患者找到客观的、适合的治疗和管理方案,就是大家共同的期待!
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DNA鉴定

根据孟德尔遗传定律(亲子鉴定的理论基础),孩子身上的遗传物质一半来自于生物学父亲(简称“生父”),一半来自于生物学母亲(简称“生母”),每个基因座上的两个等位基因也分别来自生父和生母。DNA亲子鉴定就是根据科学技术将子女的DNA信息与父亲、母亲的DNA信息相比对,如果符合即是亲生关系,不符则非亲生。

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